Подскажите пожалуйста вариант пути от Киото до Пагоды Чурейто? Есть JR.

Похоже, единственный адекватный вариант по jr - это через Токио. От Киото до Токио (или Синагава) часа 3 на синкансене, затем линия чуо или яманоте до синдзюку, оттуда экспресс до оцуки (это ещё полтора-два часа). А от оцуки уже по частной жд, которая пассом не покрывается, ещё час (около тыщи йен).