Как правильнее отображать в налоговой предоплату? она ж может быть возвратная, и вроде как не доход на момент перечисления...

Декларируете и оплачиваете налоги по датам поступления на счёт. Неважно, оплата это или предоплата в данном случае. Кассовый метод предполагает учёт по датам приема денежных средств, а Малый бизнес - оплату налогов на весь доход. А вот уже что делать, если будет возврат, не подскажу. Могут быть различные варианты.