Можно ли открыть ИП в Грузии, а жить в другой стране? не будет ли это считаться "красным флагом"?

Вцелом в теории не важно где вы территориально находитесь, лишь бы налоги платили и не нарушали законы при грузинском налоговом резиденстве. Но это потом поди докажи что вы где как платили налоги, не дай бог еще двойное налогообложение будет, оно вам надо? Лучше открывайте там где территориально находитесь, а если находитесь в россии — быстрее уезжайте, это небезопасно.

Можно.