Проездной на метро Киото действует только в Киото?

Разумеется)

Но в Киото метро неудобное. Проще автобусами. Беда, что автобусы медленные и в пробках стоят. Поэтому многие предпочитают велики или такси.

Если это не икока, то да. Если икока, а не проездной - то везде можно использовать.