Кто жил в Индонезии, подскажите, пожалуйста, чем она отличается от Малайзии?

Слишком много разных нюансов. Что именно интересует? И какая Индонезия? Бали, или "аутентичная", мусульманская?)

Выбирайте города на высоте более 400м asl, будет достаточно комфортно по внешним условиям или ближе к океанскому побережью, там свежее и чище. Не плохо в Yogyakarta, но много народа. Недалеко доступно несколько пляжей, но купаться тяжело. Неплохо жить в Bogor: ЖД в Jakarta, чисто, рядом Salak. С позиции общения наиболее цивилизована Западная Ява и султанат Yogyakarta, в Центральной Яве без Bahasa будет очень некомфортно.