Подскажите, пожалуйста, кто работает через ИП на Upwork? Как правильно оформлять документы в налоговую?

Какие документы? Получаете оплаты, ведете Журнал учета доходов, декларируете свои доходы по своей системе налогообложения по датам получения дохода на Апворк, оплачиваете налоги. Имеете документы, подтверждающие легальность и официальность Вашей деятельности и соответствие ее заявленной, каких достаточно, решаете сами. Обычно это договора и могут быть еще инвойсы. Если налоговая спросит, все предоставите. Все, как всегда.