Если я не являюсь плательщиком НДС и поле со счетом в карточке налогоплательщика можно оставить пустым, как налоговая будет проверять поступления?

Налоговая не проверяет поступления, Вы ведете Журнал учета доходов и по нему декларариуете свои доходы и оплачиваете налоги. Если будет проверка, то предоставите Журнал, выписки со счетов и документы, показывающие легальность и официальность Вашей деятельности и соответствие ее заявленной, например, договора, инвойсы и т. п.. При оплате налогов с непривязанного счета Вы платите по варианту оплаты «за другого» и указываете свой ID в отдельном поле, но при этом автозачисление может не сработать. А при оплате с привязанного счета обычно срабатывает. Но проверять зачисления необходимо в любом случае.