Лечу из Москвы в Рим ( с пересадкой в Стамбуле). Билет едины, туда-обратно. Но лечу по 2ум паспортам. То есть вылетаю из Москвы по РФ.

Всё нормально. Не то что можно, а скорее нужно. Сам поступал точно так же. Гражданин РФ обязан на российской границе предъявлять российский паспорт, иначе налетит на штраф. Какой паспорт предъявить на погранконтроле другого государства - это уже Ваш выбор. А если у вас в росс. паспорте нет визы, а паспорт другого государства позволяет безвизовый въезд или в нем есть виза, то и выбора нет.