У кого есть бизнес в Грузии, подскажите пожалуйста, если иностранная компания(не из РФ) хочет оплатить на счет физ лица в Грузии. Как это облагается налогами, какими и проверяется ли это?

Назначение платежа? Смотря за что платить. Если это какая-то усуга, то она должна идти как-то законно, например, в направлении Вашей предпринимательской деятельности. Контролируют на первом этапе банки, дальше, обычно при суммах дохода по всем операциям и счетам свыше 30 к лари/год может подключиться и налоговая.