Есть ли смысл регистрировать IT компанию в виртуальный зоне? Там и проценты больше, чем на малом бизнесе, не немного не понимаю.

Есть, если Вы работаете физически в Грузии только на иностанных заказчиков удаленно, имеете здесь наемных работников, именно в Грузии, и физический офис, и Вам необходима именно компания. Тогда у нее по сравнению с обычной компанией будут серьезные преимущетсва.