Подскажите пожалуйста, если я подаюсь на визу во Францию и пишу, что буду там 12 дней, но планирую в будущем еще летать, что указывать в нижних окнах в анкете? Просто не понимаю эту систему. Хочу визу на подольше.

Пишите 90 дней, количество въездов в Шенгенскую зону - mult. Количество посещений Франции можно оставить 2.

90 дней лучше не писать. Тем более при количестве посещений - 2. Это не влияет на длительность визы. На это влияет Ваша визовая история и грамотный пакет документов.