Ситуация такая, оформил годовую коммерческую визу для пребывания в РФ, с условием, что могу находится в РФ сроком 90 дней из 180.

Можете. Неиспользованная старая виза будет автоматом аннулирована. Но как будет с 3 месяцами..если ещё не прошло 3 месяцев после вашего последнего возвращения(когда вы использовали первые 90 дней, ведь должны пройти 90 дней вне РФ, чтобы потом въехать снова в РФ), пустят ли вас с новой визой?.. надо уточнять.