Имеются ли негативные побочные эффекты от перегона денег с личного счёта обратно на ИП-счёт (т. е. к которому привязан ИНН ИП) в Грузии?

Вы сами декларируете свои доходы, но при проверке налоговая может задать вопросы по транзакциям. Соответственно, вопрос, зачем такие транзакции? Если без них точно не обойтись, тогда ладно, а так... Лучше так не делать, проще вести отчётные документы.

Если с этих денег платится налог, проблем быть не должно в теории, но если нет, проблемы быть должны. Это ожет расцениваться как способ прятать доход, получая деньги на личную карту, а затем переводя на ип.