Подскажите, есть ли какое-то преимущество для поездки в Японию открывать карту Юнион Pay в юанях, а не в рублях?

В ГП или в рублях или юанях, другое дело, что пополнять скорее всего будете рублями. Разница в моменте конвертации рублёвые конвертируются в момент покупки/снятия в юани, потом в йены. А те что в юанях открыты, конвертируют в момент пополнения рубли в юани, а при покупке в йены. В целом разница невелика на коротких отрезках времени.