Как налоговая может проверить правильность выбора кода деятельности? Вот у меня есть ип например я программист Получается мне с моей фирмой нужно контракт на конкретные работы заключать?

Соответствие Вашей деятельности, например, которая по запросу налоговой должна быть подтверждена, например, договором, и должна соответствовать Вашему статусу, например, малому (не попадать в перечень неподходящих по нему, например).