Подскажите, пожалуйста по поводу второго литовского гражданства.

В законе не говорится что репресирован должен быть именно советским режимом. Речь идет про окупационные режимы. Немецкий тоже к ним относится. Если сможете доказать что его насильно вывез окупационный режим с территории Литвы, то думаю можете.

Вообще не специалист в этом, но насколько я понял, сохранить текущее гражданство вы можете, если докажете, что ваш предок покинул Литву недобровольно. То есть важно не то, подвергался он репрессиям или нет, а то, сам он решил уехать из Литвы или его насильно выселили.