Связь Мегафон работает в Японии?

Да.

Совет: берите мобильный вай-фай роутер в любом аэропорту или вокзале, он размером с пейджер и всегда будете на связи по инету. Стоимость около 1000¥ за сутки. При вылете сдаёте обратно, получаете залог назад (не вспомню сколько, но недорого) и все дела! Очень удобно - интернет в кармане))

Сети Мегафон в Японии нет, можно будет звонить только через роуминг, если ваш смартфон поддерживает 3G (сети GSM в Японии нет)