Скажите, пожалуйста, были ли такие случаи, когда ИП оплачивал налоги, а потом выяснялось, что за два месяца переводов не было? Как будто исчезли.

Если нету в банковской выписке, значит, они не ушли из банка. Если квитанции есть, то нужно подавать заявления на зачёт. Платежи нужно контролировать, чтобы они зачислялись на счета ЛК налоговой.