Подскажите пожалуйста, при въезде в Болгарию по мультишенгенской визе дни, проведенные в стране, будут засчитываться как дни, проведенные в шенгене?

Это ни в одном документе чётко не прописано. Потому, никто вам на этот вопрос однозначно не ответит, включая пограничников. По факту, можно только вероятности оценивать. Хотите гарантий - считайте, что будут засчитываться. Если Вы не за гарантиями - действуйте на свой страх и риск. Желающих спорить насчёт шенгенских дней прошу без ссылок на документы даже не пытаться.

Точно можно сказать, что вы получали шенгенскую визу в соответствии с визовым кодексом ЕС. А согласно нему вы имеете право находиться 90 дней в странах ЕС на протяжении любого периода 180 дней. То, что многие страны закрывают глаза сейчас на эти возможные нарушения - совсем не означает, что в будущем такому нарушителю не будут будут применены соответствующие меры. PS- в визовом кодексе прописана санкция в виде отказа выдать визу лицу, которое исчерпало 90 дней в периоде 180!