Если я работаю по ИП в одной грузинской фирме и как full-time employee в грузинской компании, при подаче налоговой декларации я смогу указать доход только по ИП и платить налог как от малого бизнеса?

Грузинская компания за Вас, как наемного работника, налоги должна оплачивать сама. Как ИП Вы не работаете в фирме, как ИП Вы оказываете услуги/выполняете работы для своих заказчков/клиентов. Как ИП Вы ведете свою деятельность, декларируете свои доходы и оплачиваете налоги по той системе налогообложения, по которой и оказываете данные услуги, именно на доходы свого ИП.