Подскажите , пожалуйста, правда ли что гражданам с Крымской и донецкой пропиской отказывают в учебной визе Японии?

Гражданам рф.

Насчёт учебной не скажу, но насчёт туристической будут вопросы, даже если последнее место регистрации не Крым. Ну, т. е. где-то в истории штампов регистрации фигурировал Крым.