Подскажите пожалуйста, в Японии при покупке в бутиках некоторые пишут, что оплата будет уже с вычетом такс фри. Везде ли это? Нет ли отказа россиянам?

Не везде. В торговых центрах возврат делают на специальной стойке. Отказывают в Луи Вуттон, ещё про Селин писали.

Только если вы скажете - такс фри. Тогда нужен паспорт будет и они уже скажут где и как оформляется.