Кто переехал в Казахстан, подскажите пожалуйста, после получения ВНЖ прописку онлайн можно сделать? Или только в ЦОНе с собственником вместе делается?

И сроки есть какие-то, в течении какого времени нужно сделать прописку?

Через миграционную оформляется. У каждой миграционной свои примочки в этом вопросе.