Обнаружил что несколько месяцев назад по ошибке не задекларировал сумму, полученную на Payoneer. Соответственно, налог тоже не оплачен.

Просто переподайте все неправильно поданные декларации, начиная с той, в которой нужно задеклараровать иной доход. Суммы по гр. 15 изменятся и в остальных декларациях, поэтому их тоже нужно переподать. Сумма налога пересчитается с учетом уже оплаченной и начисленной пени. Проверите во вкладках, которые перечислены в статье Проверка налогового долга. Все, доплатите. Не надо проверять, узнает налоговая или нет. Если при проверке ей это будет необходимо, то обязательно узнает.