Мы с сыном ( 16 лет) граждане РФ и с пмж Чехии.

Из России его одного не выпустят без согласия родителей завереного у нотариуса. Из Чехии выпустят. И в Россию впустят без проблем. Но согласие обязательно напишете когда будете в РФ сроком до его 18 летия . Прямо до дня его рождения, укажите число и год. И пусть он с этим согласием (оригиналом) всё время путешествует. Что бы не было проблем.

Мои с 12 летают одни, никогда никаких проблем. Регистрацию онлайн делайте, чтобы по стойкам не бегать.