Если прилетел в Казахстан в июле, уведомление о прибытии от арендадателей не делалось и сейчас только будет с регистрацией, какие будут вопросы и как решать?

По поводу уведомления это не вы должны делать не ваши проблемы... но когда будете делать рвп у вас его попросят) так по хорошему с собсвенником надо поговорить об уведомлении... я не очень в курсе можно ли сделать задним числом и будет ли штраф.

90 дней не прошло так что вы можете выехать и заехать и оформить уведомление еще в течении 3 дней.

Уведомление пусть подаст с текущей даты, но на остаток от 90 дней. Подаётся онлайн через визово-миграционный портал или сайт еконак.