Подскажите, пожалуйста, в Стамбул лечу Аэрофлотом с багажом, потом в Афины эгейскими авиалиниями. Между рейсами 4 часа. Достаточно времени для регистрации?

Вполне. Родители летели также, была стыковка 5 часов, сидели еще 2,5 часа ждали регистрации на рейс.

4 часа достаточно, главное чтобы задержки рейса со стороны Аэрофлота не было.