Подскажите, какие в Японии есть большие сетевые магазины косметики как наше золотое яблоко.

Прямо как золотое яблоко я не видела. Дорогую косметику (шисейдо и тд) можно найти в sogo или takashimaya, это большие универмаги, часто есть на станциях. Косметика подешевле (hada labo, manyo, biore) ищется в других магазинах - ainz&tulpe, matsumoto kiyoshi, тоже есть в универмагах на станциях, там же покупаются бады и лекарства.

Если вы в Токио, то у брендов наверное есть свои бутики где- нибудь в гинзе или омотесандо.