У кого есть опыт получения гражданства Болгарии, подскажите, весь пакет документов подается в Софии, а документ например свидетельство о рождении меняется там же на свидетельство о происхождении?

Нет. Он не меняется. Для получения документа о болгарском происхождении ( происход), вы подаете все вышеуказанные документы. после рассмотрения которых, вам выдадут "происход", на основании которого вы подадитесь на гражданство. При получении происхода, все поданные на рассмотрение документы ( свидетельство о рождении, о браке и тд) вам вернут.