После длительного прибывания в Кыргызстане решил съездить в Казахстан, на КПП взял с собой только паспорт.

У вас талон регистрации маленький, формата А5, или полноценный лист А4? После их грандиозного обновления маленькие талоны регистрации выпали из базы данных, нового формата - талоны на а4. И то они в эту базу могут попасть не с первого раза, мне два раза пришлось переделывать, чтобы водительские права наконец получить. По идее при возвращении вам ничего и не грозит, даже покидай страну без регистрации у вас по прибытию всё равно будет законных 30 дней. Но вот попытаются ли они повесить за это штраф - вопрос. Не так давно парня после поездки в Казахстан начали убеждать, что он должен заплатить штраф, и довели до того, что он его и заплатил. По прибытию позвоните лучше в справочную ЦОН по номеру 119, опишите ситуацию, сотрудники может ответят по делу в их компетенции.