Подскажите если превысить срок пребывания 90 дней в Казахстане на 3 дня, то будет только предупреждение?

Да, предупреждение. Но это закроет вам возможность получить ВНЖ в течение года. И после админ взыскания в виде предупреждения у вас 15 дней на оформление РВП или выезд.