Я имею пятилетнюю визу С в Эстонию, родилась в Таллине, хочу навестить родного брата, все документы подтверждающие родство имеются. Меня пропустят через границу?

Скорее всего напрямую в Таллин к брату не пустят. Только супруги, дети, родители.

Только через другую страну Шенгена. Турция - Испания - Эстония например.

Брат/сестра не являются родственника по вертикали, так что это не аргумент(( Пускают только к родственникам "по вертикали", т. е. бабушки-дедушки, родители, супруги и дети.