Еду из Эстонии в РФ. Подскажите, я правильно понял, что даже для личного пользования флешка\внешний жесткий диск (привез их из РФ с собой) обратно может быть штраф за них?!

Флешки запрещены в обе стороны , найдут - будут проблемы ..

Ну, не знаю. Всегда со мной 2-3 флэшки и 1, иногда 2 жёстких диска. С фильмами и фотками для мамы. Вот ни одного раза вопросов не было ни в одну, ни а другую сторону. Езжу в год по многу раз. Последний раз в начале августа. И досматривали меня периодически. Никаких вопросов