А подскажите как лучше открывать открывать ИП по специализации IT услуги с NHR или без него?

Это никак не связано. NHR получается лично вами вне зависимости от трудоустройства.

Получите NHR в любом случае (можно до регистрации ИП). Каждый год вы сможете выбирать, использовать его или нет.