Подскажите, где поставить штамп в паспорт в аэропорту Валенсии если прилетел из страны шенгенской зоны?

Нигде вы штамп повторно не поставите. Ищите полицию и там заполняете Declaracion de entrada. И эту бумагу потом предьявляете где надо, как доказательство.

Его вам не поставят так как вы шенген зоне уже находились.

Policía Nacional.