Может кто-то сталкивался , человек хочет ехать с Калининграда в Москву на поезде , есть ограничение на выезд за границу , пропустят на контроле ? Может кто-то сталкивался ?

Есть. Нужен загранпаспорт, упрощённый транзитный документ, в случае наличия запретов, штрафов, каких-то постановлений, нахождения в розыске, наличия запрещённых веществ и предметов при себе, то могут быть проблемы.