Дочь въехала по французскому Шенгену /через Париж/ в Германию. Второй паспорт в посольстве, открываем визу на учебу.

Нет. В чужой паспорт штамп не поставят, она сама должна его предъявить. Вообще, где-то здесь была информация, что чужие паспорта возить нельзя, и если озаботятся на границе этим вопросом, то могут быть проблемы.

Привезти можете, поставить штамп нет. придется выехать за пределы ес и вьехать уже по новой визе.

Нет, надо обязательно выехать по старой (туристической) визе из Шенгена куда угодно, и заехать по другой (студенческой) визе в шенген обратно. Это принципиальное условие, иначе проблемы будут - надо въехать именно по той визе, по которой она будет находиться дальше.