Подскажите, пожалуйста. Прилетела из Казахстана 5 июня, всего за год была уже 30 дней в сумме. Вопрос – если я прилечу в сентябре, сколько дней я смогу находится без легализации? не понятен момент про промежуток в 180 дней.

Промежуток не 180. А 90дней из 180. Вы были месяц в полугодии значит у вас есть ещё 60дней. Только нужно уведомление.

Считайте на момент заезда 180 дней назад. И учитываются только дни пребывания в РК в эти 180 дней, в сумме. Остаток от 90 можете как минимум находиться. Но так как 180 дней всегда сдвигаются, то вполне вероятно что у вас будет больше дней, надо считать назад 180 на каждый день пребывания в РК после сентября.