Подскажите, если я лечу внутри Турции (с одного до другого города) то сперва багаж забираю или сперва надо паспорт контроль пройти?

Внутри не существует паспортного контроля.

Прилетаете и идёте забираете багаж. Паспортного контроля на внутренних рейсов нет, так как штамп все иностранцы получают при въезде.

Тем не менее, паспорт у вас будут просить, просто чтобы убедиться что вы это вы. Что вы и есть тот человек, на которого оформлен билет. Но без иммиграционных намерений.