Подскажите, правильно ли я понимаю, что вот есть 180 дней, в течении этих 180 дней я могу в Казахстане провести 90 дней без РВП и ВНЖ.

Считается так: от сегодняшнего числа 180 дней обратно, вот из них не должно быть больше 90. Когда первый раз въезжали, вообще не важно.

Почти так, но 180 дней не фиксируются на дату первого въезда, а каждый день сдвигаются. То есть набрали ли вы уже 90 дней пребывания считается каждый день пребывания, беря в расчет 180 дней назад от текущего дня. Ваш метод более строгий.