Репатриируюсь в Израиль. У моей прабабушки( еврейки) брак заключен уже после рождения троих детей.

Тут главное не фамилия , а чтобы национальность прослеживалась .

Ну загадочного вроде ничего нет:) и да, консул может спросить (и даже вероятнее всего спросит, кем они все друг другу приходятся). Документально подтверждать надо всегда по возможности. У отца своя фамилия, у мамы своя, а из детей двое носят фамилию отца, а один фамилию мамы? Так? Если да, желательно, чтобы все это было видно из цепочки документов, уж в отношении прабабушка-бабушка точно, но и на «боковых» н повредит.