Мама и папа проживают в Израиле постоянно, имеют два гражданства: России и Израиля.

Могут быть проблемы, попробуйте связаться с консульством РФ заранее, пока ещё есть время и поставить их в известность о наличии у вас ребёнка.

Ребёнок гражданин России по факту рождения от граждан России.

Если в РФ нет данных о ребенке, а вы едете по документам РФ, то может возникнуть вопрос - откуда ребёнок, а если ребёнок ваш, то как гражданин России он должен пересекать границу по российским документам.

Проблема может быть не только с въездом, но и выездом потом. Потому что в обратную сторону он так же должен пересекать границу по документам РФ

У вас достаточно времени ,вернее у родителей записаться в консульстве РФ в Хайфе и все сделать .Без этого будут проблемы и не только в отпуск ,но и в дальнейшей жизни .Ведь мы никто не знаем ,что всех ждет по жизни

Постановка вопроса уже неправильная: ребенок имеет не только израильское гражданство, он имеет ещё и российское, но с неоформленными документами...