Если я получу гражданство Болгарии, у меня будет два паспорта, при въезде в РФ могут возникнуть проблемы?

Здравствуйте Тоже 2 .

Проблем не будет, можно даже скрывать, но если обнаружат, то явно по голове не погладят.

Для рф ваше второе гражданство не рассматривается. То есть вы остаётесь подданным рф со всеми вытекающими.