Скажите, если въехал в Ларнаку, а вылетаю из Эрджана, могут быть проблемы?

Да, вылетать нужно оттуда же.

Для РК вы будете считаться находящимся на острове. Отсюда вылетит нарушение визового режима.

90/180 если паспорт не ЕС, потом бан лет на 5)