У меня вопрос: если я прилетала на Кипр через Ларнаку (южная часть), смогу ли я вылететь с Северного Кипра, и не повлияет ли это в дальнейшем на получение виз в Европу?

лучше так не делать

Можете, если вернётесь обратно тем же путем. А вот вылетать насовсем не стоит, т.к. счётчик дней на юге не останавливается и вы нарушите сроки пребывания 90/180 со сложно прогнозируемыми последствиями.