Получится ли после получения визы Японии сдвинуть сроки визита от изначально заявленных при подаче, не выходя за сроки указанные в визе?

Да, с момента выдачи визы, у вас 3 мес на въезд. Въезжайте, когда хотите, никто не будет со свечкой бегать и проверять, что вы въехали в те же даты, которые были в анкете.

Если на 90 дней, то есть варианты. А вообще как то коряво у них это делается. Ждёшь визу и вот её дают и отсчёт начинается прямо с даты подачи на визу.