Подскажите пожалуйста у кого есть опыт для подачи на ВНЖ можно справку о несудимости заказать не в консульстве, а распечатать через Госуслуги и в Португалии перевести и заверить?

Нет, электронная работает только на территории РФ.

У меня была ситуация, когда бумажную справку в РФ забирала не я (когда её подготовили, я была за границей), но у моего получающего справку была генеральная доверенность от меня.

Можно заказать на госуслугах физическую бумагу с апостилем (в мск) и потом забрать её произвольным человеком с простой (не нотариальной) бумажной доверенностью с твоей росписью (можешь подписать сам и прислать DHL, можешь попросить забирающего её нарисовать)