Подскажите, может кто знает, в какой службе Германии нужно поставить апостиль в свидетельстве о смерти, для РФ.

Апостиль свидетельства о смерти (оригинал) можно поставить в территориальных органах по делам ЗАГС – это либо Комитет по делам ЗАГС, либо Управление в зависимости от конкретного субъекта. Сам ЗАГС апостиль не ставит! На оригинал ставится в том регионе, где был выдан.