Подскажите хочу проехать транзитом через Эстонию до Испании со своей девушкой.

Совершенно непонятно пустят или нет. С одной стороны, члену семьи можно с вами в страну вашего проживания. Но вы - гражданин Румынии. Но у вас внж в Испании. Вроде как это в страну проживания, но посчитают ли так пограничники - неизвестно. Кроме того, ваша бумажка на каком-то непонятном для эстонцев языке, а членом семьи считается официальный супруг у эстонцев. То есть, непонятно по всем параметрам у вас.

Если судить на основании пункта о свободном передвижении гр. ЕС, то вы, как гр. Румынии переехали в Испанию, то и ваша гражданская жена может ехать с вами. Естественно, окончательное решение примут на границе.