Для подачи на digital nomad нужно прилететь именно в Испанию? Или можно в любую страну шенгена и как-то потом отметить въезд именно в Испанию?

Да, можно потом при въезде или влете в Испанию в полиции взять декларацию о въезде.

Declaration de entrada надо сделать в полиции, если въезжаешь через другую страну (или если штамп не читаемый испанцы поставили).